Zgodba je postavljena v bližnjo prihodnost, igralec pa nadzoruje Desmonda Milesa. Desmonda ugrabijo templarji, ki hočejo s pomočjo čitalnika generičnih spominov (spominov, ki naj bi se prenašali z DNKjem), Animusa, najti nahajališča tako imenovanih »Rajskih jabolk,« artefaktov z nadnaravnimi močmi, s katerimi nameravajo ljudem odvzeti svobodno voljo.

Za vsa nahajališča Rajskih jabolk je vedel Altaïr, mojster morilskega reda ob koncu 12. stoletja. Ker je Desmond Altaïrjev neposredni potomec, ima v svojem DNKju spomine, ki jih templarji lahko sinhronizirajo s pomočjo Animusa.